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自开展创新工程以来，研究所通过系统梳理、归并整合、适时调整等过程，强化学科建设，优化科研资源配置，建立了6大学科领域14个创新团队，推动形成了结构合理、特色显著、优势突出的学科布局，现有的学科领域和研究方向（详见下表）与《中国农业科学院学科设置简表（2018版）》中相关学科设置布局保持一致，符合国家农业资源环境领域科技发展需求。
学科集群 |
学科领域 |
重点方向 |
农业资源与环境科学 |
植物营养与肥料学 |
植物营养 |
肥料及施肥技术 |
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农业土壤学 |
土壤培肥与改良 |
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土壤植物互作 |
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耕地质量保育 |
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盐碱地改良 |
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农业环境学 |
面源污染 |
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农业区域发展与管理 |
农业布局与区域发展 |
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农业资源利用与区划 |
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农业微生物学 |
食用菌遗传育种与栽培 |
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农业微生物资源 |
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农业信息与经济科学 |
智慧农业 |
农业遥感 |
草地生态遥感 |
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智慧农业 |
